我国在特别行政区内实行的制度由：

　　 A.全国人民代表大会规定

　　 B.全国人民代表大会以法律规定

　　 C.国务院以行政法规规定

　　 D.国务院以特别决定规定

　　 解析

　　 第一步，本题考查国家基本制度知识。

　　 第二步，根据《宪法》第三十一条，国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。

　　 因此，选择B选项。

　　 考点

　　 法律

　　 宪法

　　 国家基本制度