1、物流公司发生运费收入时：

　　 借：银行存款

　　 　　贷：主营业务收入

　　 　　　　应交税费——应交增值税（销项税额）

　　 2、物流公司发生其他运费支出且取得对应发票时：

　　 借：管理费用——运费（根据费用所属部门计入相关科目）

　　 　　应交税费——应交增值税（进项税额）

　　 　　贷：银行存款

　　 物流公司发生运费收入，或发生其他运费支出且取得对应发票时，应当通过“主营业务收入”科目或“管理费用”等相关二级科目核算。主营业务收入是指企业从事本行业生产经营活动所取得的营业收入。管理费用是指企业行政管理部门为组织和管理生产经营活动而发生的各种费用。